少し進んだかもしれません。
読み込んで不具合の出る地形は、Gimpを使って自作したものです。風月さんの指摘で、アルファチャンネルが邪魔をしているのではないかということで、アルファチャンネンを削除してみました。
その結果、512x512のVarregionで、アルファチャンネルを除去した png ファイルを読み込んで、不都合は起きませんでした。それではと、256x256の通常Regionで実験しました。この場合、アルファチャンネルを除去しても問題は解消しませんでした。アルファチャンネルが関係していることまでは分かりましたが、問題は単純ではないようです。