どの時点で変わったのか、はっきりしました。
opensim の git を睨んでいましたが、 0.9.0.1 Release が 6月30日相当というのは間違いでした。正しくは 2018-05-04 22:00 です。
この直後 2018-05-04 22:01 Merge branch 'master' into httptest ということで、大量に変更がなされており、その中にバグが潜り込んでいると思われます。
http://opensimulator.org/viewgit/?a=shortlog&p=opensim&h=HEAD&pg=7
2018-05-04 22:01 のものをダウンロード、コンパイルし、JOGの(パッチは当てておりません。)設定やモジュールを組み込んで接続し、0.9.0.1 Releaseとの間で文字化け再現を確認しました。
すでに報告しているように、文字化けが起きるのはリージョンをまたぐIMのみで、offline IMやグループチャットでは文字化けは起きません。
なお、現在のJOGセンター地域(2018-08-25 のJOGパッチが当たったもの)からのIM、Offline IM, グループチャット、TPコールなどで Baise64に変換されたものが表示され、逆にJOGセンター地域への IMは相手がofflineであるかのように、IMは保存され、グループチャット、TPコールは無視されます。実験はしておりませんが、これは opensim 最新 0.9.1.0 Snail DEV や OSG配布のもので 2018-08-25 のJOGパッチを当てていない SIMとの間でも同様の問題が起きると思われます。