私も理解していなかったのですが，リージョンを再起動すると，そのサーバの OpenSim.exe 自体が一旦停止します．
JOGでは１台のサーバで基本的に２～３個のリージョンを起動していますので，あるリージョンを再起動すると同じサーバで動いている別のリージョンも再起動するようです．
同じサーバで動いているリージョンは，大体隣接していますので（例外もあり），他のリージョンにも配慮して再起動するようにお願いします．
＊リージョン再起動中に，このサイトのワールドマップで空白になっている場所が，同じサーバで動いているリージョンです．